自边孝村一战大败秦宗权后，蔡州叛军的气焰顿时烟消云散，原本占据的洛阳、河阳、许州、汝州等地守将听闻主帅惨败，纷纷弃城逃窜，秦宗权只能带着残兵败将龟缩回蔡州孤城，再无力量主动出击半步。朱温则趁胜清扫河南全境，一路收编降兵、安抚流民、修缮城郭、整肃军纪，势力一日强过一日，整个中原大地，渐渐只剩下汴州一军独大，再无任何藩镇能与之正面抗衡。
而远在蜀中的大唐行在，也在此时发生了惊天动地的变故。颠沛半生的唐僖宗李儇，自黄巢乱起便四处奔逃，先是避祸蜀中，后又辗转还京，常年惊吓劳累早已拖垮了本就孱弱的身体。文德元年三月，僖宗在长安大明宫武德殿突然病重不起，卧床数日水米难进，太医轮番诊治却回天乏术，没过多久便龙驭上宾，年仅二十七岁。因僖宗皇子年幼，不堪承继大统，宦官杨复恭等当即拥立僖宗之弟、寿王李晔即位，这便是日后苦苦支撑晚唐残局、一心想要中兴却无力回天的唐昭宗。新帝登基之初，雄心锐发，志气满满，一心想要削平跋扈藩镇、诛除专权宦官、重振大唐昔日声威，可他接手的，早已是一个千疮百孔、政令不出长安、四方分崩离析的烂摊子，空有帝王之志，却无帝王之权。
另一边，困守蔡州孤城的秦宗权仍不死心，在城中强行抓丁充军，十五岁以上五十岁以下的男子一个不漏，又以苛政严刑搜刮粮草，稍有反抗便满门抄斩，城内百姓怨声载道，军心早已涣散到了极点。朱温见时机彻底成熟，当即下令，命庞师古、葛从周统领大军合围蔡州，日夜轮番猛攻，壕沟叠了数重，箭矢如雨般射入城中，城中守兵死伤无数，粮食断绝，没过多久便再度出现人相食的惨状，街巷之间白骨相枕，哀嚎之声日夜不绝。
龙纪元年正月，蔡州城内彻底大乱，人心离散，秦宗权麾下亲将申丛眼见大势已去，不愿跟着这个吃人恶魔一同覆灭落得身死族灭的下场，当夜暗中派人联络汴军，约定献城投降。趁秦宗权酒醉酣睡毫无防备之时，申丛亲率心腹亲兵突入帅府，将秦宗权死死捆绑在地，为防其反抗，当场打断双足，锁入坚固囚车，随即大开城门向汴军投降。朱温得报大喜过望，当即命人将秦宗权从蔡州押赴汴州，稍作停留后，又以槛车押送长安，交由朝廷公开处置，以彰显平贼大功。
同年二月，秦宗权被押至长安独柳之下行刑。临刑之前，其妻子赵氏在旁哭骂他祸害国家人民、荼毒生灵、连累宗族满门，秦宗权却仍在槛车中探头向外，对着监刑官大声喊冤：“我秦宗权岂是反叛之人？只是报国无路，才落得这般下场！”围观百姓早已恨透了这个以百姓为军粮的恶魔，无不唾骂斥喝，石块齐飞。监刑官冷笑一声，不再多言，喝令刀斧手上前，一刀斩下秦宗权首级，传首四方示众。这个荼毒中原数年、所过之处赤地千里、以人为食的巨寇，终于落得应有的下场，再无半分翻身余地。
秦宗权伏诛之日，朱温因平定巨寇首功，被唐昭宗下诏封为东平王，兼领宣武、宣义、天平三镇节度使，河南腹心膏腴之地尽数归入麾下，汴州也自此成为唐末北方第一强藩，兵强马壮，财赋充足，再无人能与之争锋。
消息传回汴州军府，甲士林立，旌旗猎猎，刀枪映日，杀气盈庭。朱温身披金甲，腰横佩剑，踞坐于主位之上，面色沉毅，目光如鹰隼般扫过阶下诸将。左侧谋士敬翔、李振垂手侍立，神色沉稳；右侧葛从周、庞师古、朱友恭、氏叔琮等猛将按剑而立，气势威猛，满帐上下肃杀无声，人人屏息以待。
朱温忽然按剑起身，声震四壁，字字铿锵：“秦宗权虽死，天下未宁！时溥窃据徐州，扼我东南咽喉；朱瑄、朱瑾兄弟坐拥兖郓，收容我叛卒，屡屡犯我边境；河东李克用盘踞太原，兵强马壮，虎视眈眈；凤翔李茂贞雄踞关中，近在肘腋，跋扈不臣。这些人皆是我心腹大患！我自汴宋一镇起家，今日不兼并诸藩，扩土强军，他日必为他人所吞！”
敬翔闻言，当即趋步上前，长揖一礼，缓缓进言：“主公所言极是。方今天下四分五裂，唐室衰微，正是英雄用武之时。依臣之见，主公宜行先近后远、先弱后强之策：东取徐泗，收江淮财赋；北吞兖郓，得山东甲兵；河朔藩镇闻风必惧，可不战而定。待中原彻底稳固，再挥师西向，入关中、迎天子，挟天子以令诸侯，则天下霸业，唾手可得！”
朱温听罢，抚掌大笑，声震屋瓦：“知我心者，莫若子振！此言正合我意，就依先生之计行事！”
当即传令点兵遣将，以长子朱友裕为先锋，葛从周、庞师古各领一军左右策应，朱温亲统主力大军，东征徐州感化军节度使时溥。时溥本与朱温一同征讨黄巢，后因争功结怨，坐拥徐泗五州之地，兵甲尚足，却素无远略，昏庸怯弱。景福元年，汴军大军压境，连破十余座营寨，直抵徐州城下，掘开泗水引水灌城，四面合围，水泄不通。
时溥登城遥望，见汴军甲仗如山、营寨连绵数十里，旌旗蔽日，杀声隐隐，不由涕泪横流，对身边亲将凄然叹道：“我与朱三同起草莽，共破黄巢，昔日称兄道弟，情同手足，今日竟成俎上鱼肉，任人宰割，天乎！人乎！”
城破之日，时溥知大势已去，绝无生路，不愿落入朱温手中受辱，当即携全族老小登徐州燕子楼，举火自尽，一门上下尽死，无一生还。汴军顺势尽取徐、宿、濠、泗四州之地，关东诸藩闻时溥败亡，无不震恐战栗，纷纷遣使至汴州修好纳贡，再不敢与朱温为敌。
徐州平定之后，朱温马不停蹄，挥师北上，以朱瑄招纳汴州叛卒为名，大举讨伐兖、郓二州。连年攻战之下，兖郓二州城邑残破，百姓流离失所，田园荒芜，守军节节败退。乾宁四年，汴军攻破郓州城，朱瑄仓皇出逃，没走多远便被追兵擒获，押至汴州闹市当众处斩；朱瑾势穷力竭，无法在山东立足，只得率残部南渡淮河，投奔淮南节度使杨行密，天平、泰宁两镇亦尽归朱温所有。
至此，河南、山东、徐泗千里之地尽入朱温之手，疆域辽阔，兵甲强盛。他又命张全义镇守洛阳，招抚流民、劝课农桑、修复城郭、通商惠工，数年之间，洛阳便恢复生气，粮草财赋源源不断运往汴州，朱温实力愈发雄厚，野心也随之急剧膨胀，目光不再局限于中原，而是越过崤函天险，死死盯住了关中长安的大唐天子，一心想要将皇帝握于掌中，号令天下。
此时的长安城内，唐昭宗虽有中兴之志，却手中无兵无权，朝中宦官把持禁军，权倾朝野，宰相与宦官相争不止，势同水火，史称南衙北司之争。宰相崔胤一心想要诛除宦官集团，重振朝纲，却苦于手中无兵，遂暗中结交朱温，引为外援，欲借强藩之力清君侧；宦官韩全诲、张彦弘等得知消息后大惊失色，唯恐身死族灭，当即发动宫禁兵变，劫持昭宗与后宫诸王，西出长安，投奔凤翔节度使李茂贞，欲凭凤翔军自保。昭宗车驾离京之日，百官惊散，长安大乱，哭声震于街巷，一片凄凉景象。
朱温在汴州闻讯，拍案而起，大喜过望：“此天授我以入关之机也！”当即打着奉诏迎驾、诛除宦官的正义旗号，亲统七万大军挥师西进，一路势如破竹，无人敢挡，直抵凤翔城下，将李茂贞团团围困，水泄不通。
这一围，便是一年有余。凤翔城中粮尽，草木皆食，冻饿而死者横尸街巷，乃至人相食，惨不忍睹。李茂贞连战连败，外援断绝，自知不敌，无奈之下斩杀韩全诲、张彦弘等宦官二十余人，将首级送与朱温示好，恭送昭宗车驾还京，只求自保。
昭宗一行自凤翔归长安，入宫未及坐稳，朱温便披甲仗剑，率亲军入殿拜见。他虽行叩首之礼，言辞却暗藏刀锋，字字逼人：“臣朱温，千里赴难，为陛下清君侧、诛阉宦，今日逆竖已除，京畿空虚，四方藩镇皆怀异心。臣愿留兵宿卫宫禁，替陛下镇守长安，保陛下万世无虞。”
昭宗双手微颤，心中惊惧万分，却不敢有半分违逆，强作镇定，温言抚慰：“卿有再造社稷之功，朕心甚慰，当厚加封赏。”
当日，昭宗便下诏，赐朱温回天再造竭忠守正功臣，加授太尉、诸道兵马副元帅，进封梁王；又以幼子辉王李祚为天下兵马元帅，虚有其名，实权尽在朱温之手。朱温趁机安插亲信，以朱友伦为左军宿卫都指挥使，张廷范为宫苑使，王殷为皇城使，蒋玄晖充街使，汴州将吏遍布宫禁与京畿要地，自此天子一言一行，皆在其掌控之中，唐室已是名存实亡。
宰相崔胤起初引朱温为援，本想借其力诛除宦官，而后再慢慢削其兵权，重振皇权，眼见朱温把持朝政，架空天子，心中大悔，日夜不安。一日，崔胤屏退左右，密奏昭宗：“梁王势倾天下，朝野侧目，恐将蹈汉末曹操故智，行篡夺之事。陛下宜速募六军十二卫，自建禁军，自掌兵权，方可防不测之变。”
昭宗深以为然，当即密令崔胤在京师募兵，打造兵器，扩充宿卫，意图摆脱朱温控制。
消息很快传入汴州，朱温勃然大怒，即刻派人将崔胤召至大梁，当面厉声斥问：“我与公同心诛宦，共安朝廷，公今背信弃义，私募兵卒，意欲图我，是何居心！”
崔胤吓得汗流浃背，双膝发软，勉强强辩：“梁王误会，募兵只为防备李茂贞卷土重来，绝非针对梁王，臣不敢有二心。”
朱温冷笑一声，目光如刀，寒意彻骨：“公之诡计，天下人尽知，岂能瞒我！从今往后，安分守己则已，若再妄动，休怪我刀下无情！”
崔胤惶恐告退，回到长安依旧不敢停手，仍暗地募兵不止，朱温杀机已动，只待一个合适借口。
天复三年，宿卫都指挥使朱友伦在长安球场击球，不慎坠马而死。朱温闻讯，一口咬定是崔胤暗中谋害，当即以此为辞，遣兄子朱友谅率精兵突入长安，包围崔胤府邸，不问青红皂白，尽杀崔胤及其党羽郑元规、陈班等数十人，血流满街，尸横相藉，惨不忍睹。
昭宗在宫中闻变，登延喜楼遥望，见崔府火光冲天，杀声不绝，不由泣下沾襟，对身边侍臣长叹：“崔胤一死，朕再无外援，大唐社稷，危在旦夕矣！”
诛除崔胤之后，朱温再无顾忌，决意彻底掌控天子，遂定下迁都洛阳之计——将昭宗带离关中，远离李茂贞、李克用等藩镇势力，置于自己眼皮底下，任意摆布。
天祐元年正月，朱温遣心腹牙将寇彦卿奉表入长安，逼迫昭宗即刻东迁。昭宗明知此去便是囚笼，却无力反抗，只得率百官、后宫，含泪离京。汴军士卒奉命拆毁长安宫室、百官衙署乃至百姓民居，取下木材，浮渭水而下运往洛阳，昔日繁华帝都，一朝化为丘墟瓦砾，满目疮痍。长安百姓扶老携幼，被迫东行，一路号哭不绝，人人痛骂：“贼臣朱温，倾覆社稷，使我等流离至此，天必诛之！”
车驾行至华州，沿途百姓夹道跪拜，齐呼万岁。昭宗闻声，止泪摇手，凄然道：“百姓勿呼万岁，朕已不复为汝主矣！”
当夜宿于兴德宫，昭宗对何皇后垂泪叹道：“俗谚云纥干山头冻杀雀，何不飞去生处乐，朕今漂泊四方，生死不由己，不知最终葬身何处啊。”言罢，君臣后宫，相对而泣，彻夜不绝。
行至陕州，昭宗欲以何皇后新产皇子、不便上路为由，拖延行期，伺机密诏四方藩镇勤王。朱温得知，怒不可遏，急令寇彦卿：“速促官家东来，一刻不得迟延！再有拖延，便自行处置，不必回报！”
闰四月，昭宗被迫入洛阳，入宫之日，左右侍从尽数被汴军替换。昭宗身边旧日小黄门、内园小儿二百余人，全被朱温诱出灌醉，尽数缢杀，另选身形相貌相似者顶替。昭宗起初未察，数日后方知真相，自此心惊胆战，终日噤若寒蝉，形同囚虏，连一言一行都在朱温严密监视之下。
朱温既将天子牢牢控制在洛阳，便开始以皇帝诏令号令天下：贬逐忠于唐室的旧臣，封赏自己的亲信将吏；河东李克用、凤翔李茂贞、西川王建等藩镇，虽联名传檄天下，声讨朱温专权，却各怀私心，互相观望，无一敢真正出兵与朱温决战。
朱温又在大梁设立元帅府，以敬翔为元帅府判官，李振为谋主，天下藩镇任免、朝政赏罚、钱粮兵甲，一切大事皆出自大梁元帅府，长安、洛阳朝廷，不过徒具文书，盖章画诺而已，毫无实权可言。
一日，蒋玄晖自洛阳连夜赶回大梁，入府密报朱温：“天子虽居深宫，日夜悲泣，仍暗写绢诏，用蜡丸封藏，由宫人潜出，传檄四方藩镇，召天下勤王兵马，欲图主公。”
朱温听罢，按剑猛地站起身，目露凶光，杀气四溢，声如寒铁：“李唐余孽，死不悔改！留此天子，终是祸根！我今挟天子以令诸侯，天下谁敢不从？他日便当行禅代大事，取李唐而代之，有敢阻我者，尽皆诛灭！”
言毕，朱温即刻传令，命朱友恭、氏叔琮率重兵严守洛阳宫禁，断绝内外交通，任何人不得私见天子，违者格杀勿论。
大唐昭宗，自此彻底沦为朱温掌中之囚，唐末天下崩解、五代更替的乱局，便在此一刻，彻底铸成，再无挽回余地。