杀害张宝仓后，秦开来害怕事情败露，决定分尸抛尸。他将张宝仓的尸体拖进自己的车里，带回了自己的居住地。在居住地的卫生间里，秦开来用菜刀将张宝仓的尸体肢解成6块，然后用白色塑料袋将残块包裹好，装入黑色皮箱。为了掩盖罪行，秦开来在凌晨时分驾驶车辆前往南湖广场，将皮箱拖进广场，扔进了中心湖水域，随后驾车逃离现场。
秦开来还交代，他辞职的原因也是因为赌博欠债，无法集中精力工作，同时也担心被同事发现自己的赌博行为。他原本以为分尸抛尸后，警方很难查到自己头上，没想到还是被警方迅速锁定了嫌疑。
审讯结束后，秦开来在审讯笔录上签字画押，对自己的犯罪事实供认不讳。监控室里的小王和小周长舒了一口气，脸上露出了疲惫却欣慰的笑容。经过多日的艰苦侦查，这起性质恶劣的南湖广场漂浮皮箱分尸案终于成功告破，犯罪嫌疑人秦开来被依法逮捕，等待他的将是法律的严惩。
秦开来如实供述犯罪事实后的第三天，按照案件侦查程序，市刑侦支队安排8名侦查队员，押解秦开来前往南湖广场及相关涉案地点进行现场指认。为确保指认工作顺利开展，警方提前对南湖广场中心湖周边、秦开来居住地及抛尸路线沿线实施临时管控，设置警戒区域，同步安排专人负责录像、拍照记录，全程固定指认过程及相关证据。
上午9时许，载有秦开来的警车抵达南湖广场北侧入口，秦开来身着囚服、佩戴手铐脚镣，在两名侦查队员的押解下走下车。此时的南湖广场已恢复往日的平静，但警戒带内的勘查痕迹仍隐约可见，中心湖的水面依旧平静，仿佛早已抚平了那场恶性案件的阴霾。秦开来刚下车，目光便不自觉地瞟向中心湖方向，身体微微颤抖，神色中透着难以掩饰的恐慌。
“秦开来，仔细看清这里，是不是你当时抛尸的地点？”负责指认工作的侦查员老陈率先开口，语气严肃。秦开来缓缓点头，声音沙哑地回应：“是……就是这里，我把装着人……装着张宝仓尸体的皮箱扔进了湖里。”随后，在侦查队员的押解下，他一步步走向中心湖北侧亲水平台——正是此前警方发现黑色皮箱的核心位置。
站在亲水平台边缘，秦开来指着湖面靠近平台东侧的位置，详细交代：“那天凌晨4点多，我开车到广场西侧入口，把车停在路边，然后拖着那个黑色皮箱从西侧入口进来，沿着健身器材区旁边的小路走到这里。当时雾很大，能见度很低，我怕被人发现，走得很快，皮箱的轮子因为之前在湖边沾了泥，拖的时候还发出‘咯噔咯噔’的响声。到了这里之后，我看四周没人，就双手抓住皮箱的提手，使劲把皮箱推到了湖里。”他边说边比划着推箱子的动作，手臂的发力角度与现场勘查时皮箱遗留的拖拽痕迹方向完全一致。
侦查员追问：“皮箱扔进湖里后是什么状态？你有没有做其他处理？”秦开来回忆道：“皮箱刚扔下去的时候是侧着浮在水面上的，因为里面装着尸块，有一定重量，没过几分钟就慢慢往下沉，最后只露出一点箱体边缘。我当时怕有人发现，在旁边站着看了大概两分钟，确认皮箱基本沉下去了，才转身离开。”这一描述与报案人周桂英清晨发现皮箱时“部分箱体露出水面”的证词，以及警方勘查时皮箱漂浮位置的记录完全吻合。
随后，秦开来在警方押解下，指向南湖广场西侧入口方向，交代了抛尸前的行进路线：“我从家里出发，开车沿着湖滨路一直走，到广场西侧入口的路口停下，因为怕把车开进广场被监控拍到，就把车停在路口的树荫下。当时我还特意看了看周围，没发现有行人，才下车拖箱子。”侦查队员立即对照此前调取的监控录像，秦开来所说的停车位置，正是此前监控中捕捉到黑色大众迈腾停留的区域，进一步印证了其供述的真实性。
在亲水平台指认结束后，秦开来又被押解至广场西侧健身器材区附近，指着一处地面残留的轻微拖拽划痕此前警方勘查时已提取相关足迹及纤维样本说：“我拖箱子经过这里的时候，因为箱子太重，轮子又卡了一下，箱子底部在地上蹭了一下，当时还担心留下痕迹，特意回头看了看。”这一细节与警方现场勘查时在该区域发现的“43码运动鞋足迹及黑色纤维碎片”相契合——正是秦开来拖拽皮箱时，鞋子遗留的足迹和皮箱内衬纤维掉落的位置。
紧接着，警方押解秦开来前往下一个指认地点——南湖广场懂南侧3米的湖底区域，也就是此前打捞到带血菜刀和破损白色塑料袋的位置。侦查员拿出此前打捞的菜刀照片，让秦开来辨认：“这把菜刀是不是你分尸用的工具？是不是你扔在这里的？”秦开来看到照片后，身体明显一缩，点头确认：“是这把刀……分尸之后，我把刀和用剩的几个破损塑料袋一起装进了一个小袋子里，从亲水平台扔到了湖里，没想到会沉到这里。”他还补充说明，当时扔菜刀时，特意用力往湖中心方向扔了一下，想让工具沉得更深，避免被人发现，这也解释了为何菜刀打捞地点与皮箱漂浮位置有3米左右的距离，与现场勘查的空间布局完全一致。
上午10时30分，南湖广场的指认工作结束，警方押解秦开来前往其位于城西区老旧小区的居住地，指认分尸地点。进入秦开来居住的单元楼，走到三楼的出租屋门口，他的头埋得更低了。打开房门后，秦开来直接走向卫生间，这里正是他实施分尸的核心区域。